PPP基本程序，是指PPP项目从发起到结束所经历的不同阶段，及每个阶段的主要工作内容。大致可分为5个阶段，19个步骤。
财政部《政府和社会资本合作模式操作指南（试行）》（财金[2014] 113号）
在项目识别阶段，主要是政府对于项目的征集和准备工作，是对项目的初步挑选。只有投资规模较大、需求长期稳定、价格调整机制灵活、市场化程度较高的项目才适合采用PPP模式。
PPP项目可以由政府也可以由社会资本发起，由社会资本发起的方式在我国台湾地区被称为“民间自提”项目，在我国实践中以政府发起为主。
在项目征集后，财政部门会同行业主管部门，对潜在的PPP项目进行评估筛选，根据筛选结果制定项目年度和中期开发计划，并对列入年度开发计划的项目编制初步实施方案。由各级财政部门会同相关部门评估、筛选的PPP项目，其基本信息均应录入PPP综合信息平台，经省级财政部门审核满足上报要求的，列为储备项目。
对潜在PPP项目进行评估、排序等筛选工作，本质上是对项目产出的公共产品及服务进行需求分析，根据需求的重要性和紧迫性将潜在PPP项目纳入年度和中期开发计划，必要时，应聘请项目所属行业领域的外部专家提供协助。
对于纳入PPP年度开发计划的项目，项目发起方应按财政部门或PPP中心的要求提交相关资料，其中，新建、扩建项目提交资料包括：《项目可行性研究报告》、《项目产出说明》、《项目初步实施方案》，存量项目提交资料包括：《项目公共资产历史资料》、《项目产出说明》、《项目初步实施方案》。
（1）《项目可行性研究报告》，属于新建、扩建项目必须提交的资料，《项目产出说明》、《项目初步实施方案》的编写应以可行性研究报告或预可行性研究报告为依据；
（2）《项目公共资产历史资料》，主要包括存量公共资产的基本信息、日常管理资料、生产运营数据、产权人决议、清产核资、财务审计、资产评估、职工安置方案等与存量公共资产有关的资料文件；
（3）《项目初步实施方案》应从战略、经济、商业、财务、管理、法律等层面展示PPP项目的实施理念，并对项目交易结构和操作流程进行初步分析和方案比较，重点应包括四部分内容：项目基本情况、可行性分析、初步实施安排、财务测算；
（4）《项目产出说明》是根据公共服务需求的分析结果对项目范围和产出绩效进行描述的文件，对于经营性的PPP项目应注意明确的收费回报机制以确保社会资本合理的投资回报率；对于准经营性的PPP项目应侧重项目的盈利和补偿机制；对于非经营性的PPP项目则要准确评估当期和未来政府的财政实力，确保政府的购买能力。
政府需要确定项目的实施机构，由实施机构与财政部门（PPP 中心）共同对项目进行物有所值评价和财政承受能力评估。前者评估的目的在于确定采用PPP模式对于该项目是否可以增加效率、节省成本、鼓励创新。后者的目的在于确定，当地政府的财政实力能否支撑的起这样的项目。通过物有所值评价和财政承受能力论证的项目，可进行项目准备阶段。
项目准备阶段的操作流程，包括：管理架构组建、实施方案编制及实施方案审核。
首先，政府方需要建立一个协调统一的工作机制，搭建项目管理架构和工作界面。其次，由项目实施机构组织编写项目实施方案，内容应包括：项目概况、风险分配基本框架、项目运作方式、交易结构、合同体系、监管架构、采购方式选择及项目进度计划安排等内容。最后，财政部门应对实施方案进行审核。经过审核后的实施方案成为下一阶段政府采购的依据。
项目采购阶段，是指政府或其授权主体根据实施方案确定的采购方式，通过竞争性的方式，如招标、竞争性磋商、竞争性谈判及特殊情形下的单一来源采购等方式选择合适的社会资本方的过程。包括资格预审流程、采购文件编制、响应文件评审、谈判与合同签署四个步骤。
项目执行阶段，主要包括项目公司设立、融资管理、绩效监测与支付、中期评估等程序，是PPP项目实质性开展融资、建设、运营等的关键环节。
在项目执行阶段，PPP项目合作方应当按照采购文件和《PPP项目合同》的约定确定是否设立项目公司，项目公司一般由社会资本发起设立，政府可指定相关机构依法参股项目公司，但政府一般不控股或控制项目公司。
项目融资由社会资本或项目公司负责，社会资本或项目公司应及时开展融资方案设计、机构接洽、合同签订和融资交割等工作。财政部门（PPP 中心）和项目实施机构应做好监督管理工作，防止企业债务向政府转移。社会资本或项目公司未按照项目合同约定完成融资的，政府可提取履约保函直至终止项目合同；遇系统性金融风险或不可抗力的，政府、社会资本或项目公司可根据项目合同约定协商修订合同中相关融资条款。
在PPP项目实务操作中，常把完成融资交割作为PPP项目合同生效的前提条件，即在合同里明确约定“在合同签署之日起的限定期限内必须完成融资交割”，并作为合同附条件生效的前提条件。
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项目实施机构应根据项目合同约定，监督社会资本或项目公司履行合同义务，定期监测项目产出绩效指标，并根据绩效情况支付合同约定的费用或补贴。
政府有支付义务的，项目实施机构应根据项目合同约定的产出说明，按照实际绩效直接或通知财政部门向社会资本或项目公司及时足额支付，未达到绩效考核指标的，应执行项目合同约定的惩处或救济措施。设置超额收益分享机制的，社会资本或项目公司应根据项目合同约定向政府及时足额支付应享有的超额收益，超额收益分享的方式为：现金支付、抵减补贴、降低服务价格，具体分享方式可在《PPP项目合同》中予以明确。
项目实施机构应每3—5年对项目进行中期评估，重点分析项目运行状况和项目合同的合规性、适应性和合理性；及时评估已发现问题的风险，制订应对措施，并报财政部门（政府和社会资本合作中心）备案。通常包括四个阶段，分别为准备阶段、调研阶段、评估阶段、成果调整阶段，各阶段主要工作内容包括：中期评估方案的编制、信息调研、调研内容评估、形成评估报告及评估报告备案。
项目移交时，社会资本或项目公司在项目运营期满或根据合同约定将项目资产移交给政府或其指定的其他机构。移交阶段的主要工作有移交准备、性能测试、资产交割与绩效评价等。
项目合同中应明确约定移交形式、补偿方式、移交内容和移交标准。移交形式包括期满终止移交和提前终止移交；补偿方式包括无偿移交和有偿移交；移交内容包括项目资产、人员、文档和知识产权等；移交标准包括设备完好率和最短可使用年限等指标。采用有偿移交的，项目合同中应明确约定补偿方案；没有约定或约定不明的，项目实施机构应按照“恢复相同经济地位”原则拟定补偿方案，报政府审核同意后实施。
移交完成后，PPP项目的完整生命周期正式结束。政府应对完成移交的PPP项目进行绩效评价，评价结果作为政府开展政府和社会资本合作管理工作决策参考依据。
